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現(xiàn)存的多元醫(yī)療體系并存的現(xiàn)狀,將云南醫(yī)療分為三個體系，即自然醫(yī)療體系、擬人醫(yī)療體系和現(xiàn)代醫(yī)療體系。每一種醫(yī)療體系都有一套理論用以說明何為病因、疾病的機理、治療方式、預(yù)防方法、病的嚴重性、對治療結(jié)果的評價等，多元醫(yī)療體系的形成與其社會、文化與宗教傳統(tǒng)有密切的關(guān)聯(lián)，并從不同層次滿足了病人的治病需求。自然醫(yī)療體系從樸素唯物主義的視角，將健康、疾病與自然現(xiàn)象、人的心理活動聯(lián)系起來，認為當人體內(nèi)的各種元素，如陰陽、五行、體液等順應(yīng)自然的變化，保持動態(tài)平衡時，人的健康狀態(tài)良好，而這種平衡被打破時則出現(xiàn)疾病，治病的目的是調(diào)節(jié)體內(nèi)各元素的平衡；擬人醫(yī)療體系從超自然的視角來解釋疾病，認為生命與健康乃神靈所賜，疾病是鬼怪作崇、祖先懲戒、天譴神罰?，F(xiàn)代醫(yī)療體系認為疾病是對生物學(xué)健康標準和完好狀態(tài)感受的偏離，這種觀點包含著在機體內(nèi)存在著可以被客觀驗證的病因機制，現(xiàn)代醫(yī)學(xué)對疾病的診斷，實際上是將可觀察到的癥狀與人體生理學(xué)功能對應(yīng)后所得出的結(jié)論。僅從概念上講，當某人的癥狀、主訴或物理檢查和/或化驗檢查提示異常時，就可以認定他/她是病人。由于疾病的發(fā)生是在一定環(huán)境條件下，人體的免疫、代償、調(diào)節(jié)、適應(yīng)等功能與致病因素相對抗處于劣勢，疾病在現(xiàn)代醫(yī)學(xué)上解釋為在致病因素的作用下，機體的結(jié)構(gòu)或功能發(fā)生障礙，表現(xiàn)異常。
理論來源的多樣性也造成醫(yī)學(xué)人類學(xué)在學(xué)科分類時的多樣性，有傳統(tǒng)的三分法,一般多以生物科學(xué)觀點、文化觀點和批判理論作為三大主流分支學(xué)科，也可以根據(jù)研究地點將醫(yī)學(xué)人類學(xué)分成社區(qū)醫(yī)學(xué)人類學(xué)和臨床醫(yī)學(xué)人類學(xué)。綜合醫(yī)學(xué)人類學(xué)的發(fā)展歷史與研究取向，人類學(xué)分成五個分支學(xué)科：生物醫(yī)學(xué)人類學(xué)、環(huán)境醫(yī)學(xué)人類學(xué)、民族醫(yī)學(xué)、應(yīng)用醫(yī)學(xué)人類學(xué)和批判醫(yī)學(xué)人類學(xué)。醫(yī)學(xué)人類學(xué)理論研究和長期的田野工作實踐，并將醫(yī)學(xué)人類學(xué)理論體系分為結(jié)構(gòu)功能醫(yī)學(xué)人類學(xué)、闡釋醫(yī)學(xué)人類學(xué)、批判醫(yī)學(xué)人類學(xué)、儀式醫(yī)學(xué)人類學(xué)和生態(tài)醫(yī)學(xué)人類學(xué)五大理論體系。
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